Il santuario di Bonaria, affidato alla cura pastorale dei frati dell’'Ordine di S. Maria della Mercede, è il centro di devozione mariana e il santuario più importante di tutta la Sardegna. Ogni anno numerosi pellegrini salgono in pellegrinaggio  sulla collina di Bonaria per pregare la Madonna e rafforzare la loro fede.
 
La costruzione del santuario di Bonaria risale al XIV° secolo quando, il re d’Aragona   conquistò la Sardegna scacciandone i  pisani.  Dopo aver firmato la pace, costruì sul colle di  Bonaria, una cittadella fortificata con una chiesa, in ringraziamento alla SS. Trinità e alla Vergine e l’affidò il 17 ottobre del 1335, ai religiosi Mercedari, intitolandola alla Madonna della Mercede.
I religiosi cominciarono ad occuparsi della cappella e della formazione spirituale dei pellegrini. Molte persone infatti,  si recavano  sulla collina, non solo per pregare la Vergine, ma per chiedere aiuti e consigli ai religiosi,.
Un giorno si recò in pellegrinaggio un gruppo di genovesi, per pregare e raccomandarsi alle preghiere dei religiosi. Uno di loro, fra Carlo predisse che una misteriosa Signora presto sarebbe venuta ad insediarsi sul colle di Bonaria. Inizialmente le parole di fra Carlo sembravano fantasiose ed oscure. In seguito si avverarono, quando una misteriosa cassa approdò sulla spiaggia antistante Bonaria. Era il 25 marzo 1370.  Il contenuto della cassa era una meravigliosa immagine della Madonna col Bambino tra le braccia.
 
Storia dell’immagine
Una nave, proveniente forse dalla Spagna, si dirigeva verso l’Italia, quando improvvisamente, fu colta da una terribile tempesta. Il capitano, per salvare gli uomini dell’equipaggio, ordinò di gettare in mare tutto il carico della nave. Così fu fatto ma senza risultato alcuno. C’era anche una grande cassa, di cui s’ignorava il padrone e il contenuto. Fu gettata per ultima. All’improvviso, la tempesta cessò. Si cercò di riprendere la rotta prestabilita, ma la nave, seguì la cassa che, dopo qualche tempo, si arenò sulla spiaggia, ai piedi della collina di Bonaria.
Molta folla accorse sulla spiaggia per vedere la cassa e si chiedeva quale misterioso segreto racchiudesse. Si cercò di aprirla, ma nessuno ci  riuscì. Si cercò di sollevarla, ma ogni tentativo fu vano. La cassa era troppo pesante. All’improvviso una voce di bimbo, gridò: «Chiamate i frati della Mercede!» Questi arrivarono  e, senza difficoltà alcuna, sollevarono la pesante cassa e la trasportarono nella loro chiesa. In un’atmosfera di silenzio e di devozione, i religiosi aprirono la cassa e restarono sbalorditi nel vedere che in quella cassa vi era una meravigliosa statua della Madonna con il Bambino in braccio e, nella mano destra una candela accesa. La profezia di fra Carlo si era avverata. Maria, la gran donna, venuta dal mare, aveva scelto la sua casa, sulla collina di Bonaria.

Da quel giorno la piccola chiesa dedicata alla Santissima Trinità e alla Vergine Maria  è diventato il Santuario di Nostra Signora di Bonaria, il Santuario di Cagliari e della Sardegna, il maggior centro di devozione alla Vergine di tutta l’isola ed uno dei più importanti d’Italia. La statua della Vergine e del Bambino, è stata ricavata da un unico pezzo di legno di carrubo e misura un metro e 56 centimetri d’altezza.
I religiosi Mercedari, visto l’aumento dei pellegrini provenienti da ogni parte, pensarono di erigere un nuovo tempio più grande e maestoso, la cui costruzione durò parecchi secoli. Il tempio, anche se incompleto, fu consacrato il 25 aprile 1926  e ottenne da  Pio XI, il titolo di Basilica Minore. La guerra causò grossi danni alla Basilica, distruggendone la cupola, parte di una navata e tutti gli affreschi e gli stucchi che l’adornavano. Con coraggio e forza di volontà e con l’aiuto delle autorità civili la Basilica è stata rimessa nuovo e completata.
Il papa san Pio X, accettando i voti e le suppliche dell’Episcopato, del Clero e dei fedeli dell’Isola, proclamò, in data 13 settembre 1907, la Madonna di Bonaria, Patrona Massima della Sardegna.

Durante l’anno liturgico a Cagliari si celebrano tre feste solenni in onore della Madonna di Bonaria, Patrona della Sardegna e Protettrice della gente di mare: il 25 marzo, il 24 aprile e la prima domenica di luglio. Il 25 marzo, a Bonaria si ricorda in maniera solenne l'arrivo prodigioso della statua della Vergine, avvenuto nell'anno 1370. Il 24 aprile, si ricorda la data dell’incoronazione della statua della Madonna. La prima domenica di luglio, infine, si celebra la sagra estiva in onore di  Nostra Signora di Bonaria. E’ una festa popolare, nata per opera di alcuni giovani reduci della guerra combattuta contro gli Austriaci nel 1866. In questa occasione tutta la città si mobilita. La statua della Vergine, protettrice dei naviganti, esce da casa, e tra due ali di popolo osannante si dirige verso il porto dove sale su un rimorchiatore assieme al Clero, mentre tanti fedeli, sistemati su altri battelli, seguono l'imbarcazione che porta la Madonna. Insieme fanno un giro nell'ampio golfo degli Angeli. Giunti al largo da un elicottero militare sono gettate in mare corone di alloro - precedentemente benedette - in memoria dei caduti di tutte le guerre.   

Visita dei Papi al santuario
L’anno 1970 si celebra il sesto centenario della venuta della Madonna.  Il 24 aprile  papa Montini tocca il suolo di Sardegna, bacia la terra e si rivolge a quanti sono lì ad accoglierlo. Una frase contenuta nel suo lungo discorso, ha suscitato particolare entusiasmo e interesse nei devoti di Maria: “Se vogliamo essere cristiani, dobbiamo essere mariani, cioè dobbiamo riconoscere il rapporto essenziale, vitale, provvidenziale che unisce la Madonna a Gesù, e che apre a noi la via che a Lui ci conduce”.  
Nell’ ottobre del 1985 anche il papa Giovanni Paolo II, visita la terra sarda, ovunque accolto con manifestazioni di gioia e di entusiasmo. Bonaria è il centro di culminante di tutto il viaggio. Centotrentamila o più persone, partecipano alla celebrazione eucaristica e ascoltano attentamente le parole del Vicario di Cristo, nella Giornata Missionaria Mondiale.
Giovanni Paolo II pronunciò queste parole: « Il mio predecessore Paolo VI, venendo qui pellegrino, volle ricordare la funzione essenziale della Madonna nel piano della salvezza. E’ il pensiero che anch’io voglio lasciarvi, come ricordo di questo mio pellegrinaggio: la devozione alla Madonna fa parte essenziale dei doveri di un cristiano”.